就在孔有德整编军队的时候，身处登州的孙元化收到了王道纯的信，得知了孔有德于吴桥兵变的消息，孙元化久久不语，他现在的内心简直是崩溃的，简直是祸不单行。
从自己接任登莱巡抚以来，破事不断，前几任登莱巡抚都没遇到过这么多事情，这一切都是从袁崇焕杀毛文龙开始的。
袁崇焕杀完毛文龙，将东江将士分两部分，交由他的部下刘兴治，和原东江副总兵陈继胜管辖，而刘兴治跟陈继胜不和，发动叛乱，杀陈继盛及刘应鹤等人，甚至还想渡海来打登州。
而这时候登州的大军，都被张可大带到北直隶，打入关的建奴去了，朝廷迫不得已，调关宁军副总兵黄龙入皮岛镇压。
今年三月，消停了一段时间的刘兴治又开始作乱，杀参将沈世魁家众，沈世魁率部夜袭杀死刘兴治，刘兴治这个祸害才被解决，乱了许久的东江总算是平静下来了。
然而到了今年十月，耿仲裕的部将李梅私自通洋，然后被黄龙打入大牢，耿仲裕气愤不已，率领所部军队以索要军饷为名，包围了黄龙的衙门，把黄龙押到演武场，将其腿打断并且割去耳鼻，并要杀掉他，因诸将劝阻才没有杀。
尚可喜得知消息后，率军赶回皮岛镇压兵变，斩杀耿仲裕和王应元等人，救出了被关押的总兵黄龙，本以为事情总算告一段落了，没想到又起波澜。
因为耿仲裕是耿仲明的弟弟，黄龙受到此等屈辱，虽已经斩杀耿仲裕，但还是不肯善罢甘休，上书弹劾耿仲明，说他是这件事的幕后主使，要求将他正法，顺带着也弹劾他孙元化用人不明，京师里派来的钦差现在还在登州，正在查耿仲明是不是主使的事情。
而耿仲明也非常生气，知道尚可喜杀了他弟弟，就准备带兵去皮岛，干掉尚可喜，好为弟弟报仇，在孙元化呵斥阻止之后，才放弃行动，不过看得出来，他还是没有放弃这个计划，孙元化也正为此苦恼。
孙元化对袁崇焕那个气啊，你要杀毛文龙就杀了，你好歹把后续事情处理好啊，本来因为主将被杀，东江镇就不稳定，你还派刘兴治这么个搅屎棍，搅得现在东江镇更乱了。
现在又发生了孔有德于吴桥兵变的事情，因为没有跟王道纯打过交道，所以也不知道王道纯说的这事，到底是真是假。
不过以他对孔有德的了解，孔有德不是作奸犯科之辈，应该不会做出这么大逆不道的事情，其中必定是出了自己不知道的变故或者误会。
至于王道纯说的发兵剿灭，孙元化对此嗤之以鼻，自己花大力气打造出来的军队，然后想让自己亲手将之毁灭，这王道纯不知道是不是脑子坏掉了。
虽然还不清楚这事具体什么情况，但是有事情发生时肯定的，不处理的话容易变得更糟，所以他斟酌了一番，很快就给王道纯回了一封信，大体意思也是先调查清楚，能招抚就招抚，不赞同派遣军队剿灭这种方式。
总的说来和余大成的处理方案区别不大，不过余大成是不想管这事，孙元化则是想尽量把事情的影响降低。
孙元化人在登州，离得太远，如果他在济南，他一会亲自前去看看，然后自己亲手解决问题，现在手头上的事物还这么多，又要安抚耿仲明不要想着去杀尚可喜，又要应对钦差的调查，根本抽不开身。